La città fu fondata con il nome di Dikiarchia nel 529 a.C. da esuli di Samo. Difese unitamente a Cuma le sorti dell’ellenismo in occidente contro gli etruschi ma cadde sotto ai sanniti dal 421 a:C.
Per l’abbondanza d’acque termali i romani vi dedussero una colonia chiamandola Puteoli. Per ragioni politiche, economiche, commerciali e militari divenne uno dei porti più importanti del Mediterraneo. Vi fu dedotta una colonia da Nerone nel 63 d.C. con il nome di Colonia Claudia Neronensis Puteolana. Lo stesso fece Vespasiano dandole il nome di Colonia Flavia Augusta Puteolana. Con il sorgere del porto di Ostia alla foce del Tevere, iniziò il declino di Pozzuoli. Fu collegata da Domiziano attraverso la “Domiziana” (terminata nel 95 d.C.) alla via Appia e alla capitale dell’impero.
Vi fiorì il Cristianesimo, tant’è che al suo sbarco a Pozzuoli, San Paolo vi trovò già una fiorente comunità cristiana.
Saccheggiata durante le invasioni barbariche da Alarico, Genserico e Totila tra il V e il VI secolo, la popolazione si trasferì a Napoli abbandonando la città.